گروه A روتاويروس بيشترين عامل مهم گاستروانتريت ويروسي در انسان در جهان است و مسئول مرگ حدود 600 تا 870 هزار كودك در سال مي¬باشد. از آنجا كه اسهال نوزادان يكي از مسائل مهم بهداشتي است، بنابراين تشخيص و درمان اين بيماري از اهميت ويژه¬اي برخوردار است. تصور بر اين است كه تغيير آنتي ژنيك شيفت، دريفت و بازآرايي ژنومي درون يك قطعه، مكانيسم¬هاي تكاملي روتاويروس باشند. تكثير متوالي ويروس با MOI بالا در كشت سلول و همچنين عفونت¬هاي مزمن در گروه¬هاي هدف با نقص ايمني، در تكامل آن نقش دارد. با در نظر گرفتن تحقق موفقيت مطالعات روتاويروس و اهميت زياد توسعه واكسن¬هاي روتاويروسي، جمع آوري داده و توسعه تست¬هاي خط اول مورد استفاده براي تشخيص روتاويروس¬ها براي فهم بهتر ويژگي¬هاي آنتي ژنيك و مولكولي ويروس لازم است. اين مطالعات اهميت تنوع ژنتيكي را نشان داده و مي¬توانند اطلاعات ارزشمندي در زمينه تكثير، تنوع، بيولوژي و تكامل روتاويروس فراهم كند. از آنجا كه مطالعات قطعات بازآرايي شده براي تشخيص توالي¬هاي ضروري براي تكثير و بسته بندي مفيد است، هدف از انجام مطالعه¬ي حاضر بررسي توانايي روشPoly (A) -Tailed Universal Reverse Transcription PCR (Poly(A)-RT-PCR) در تشخيص قطعات استاندارد و بازآرايي شده است. با اين هدف، راندمان تكثير با اين روش، براي تكثير سويه¬ي RF از روتاويروس گاوي بررسي شد. ما توانايي روش Poly(A)-RT-PCR پس از PAGE و رنگ آميزي نيترات نقره را براي رديابي ويژه دو قطعه¬ي بازآرايي شده ارزيابي نموديم. براي استفاده از اين روش روتاويروس روي رده¬ي سلولي MA-104متراكم تك لايه¬اي با MOI يك كشت داده شد و هر پاساژ براي بررسي بيشتر پروفايل¬هاي ژنومي توسط ژل پلي آكريل آميد 10 درصد (به مدت 16 ساعت با ولتاژ 200) به مقاديرمورد استفاده تقسيم و فريز شد. ژنوم RNA دو رشته¬اي استخراج و دم پلي آ در انتهاي 3^' ژنوم هدف تك رشته¬اي به آن افزوده شد. RNA استخراج شده ابتدا توسط دم پلي آ اصلاح و سپسRNAي برچسب دار براي تكثير و رديابي قطعات استاندارد و بازآرايي شده روتاويروس سويه¬يRF استاندارد و بازآرايي شده با استفاده از RT-PCR استفاده شد. cDNA توسط آغازگر طراحي شده از zebra fish و بدون استفاده از آغازگرهاي از قبل طراحي شده و يا تصادفي براي ژن¬هاي خاص، توليد شد. به منظور تاييد امكان اين رهيافت، RT-PCR با آغازگرهاي اختصاصي و ژنوم اصلاح نشده نيزانجام شد. نتايج، بازآرايي ژن از طريق پاساژهاي سريالي روتاويروس را نشان داد، كه طي آن ژن¬هاي NSP1وNSP3 با الگوي مهاجرت متفاوت در الكتروفورز ژل پلي آكريل آميد و در زمينه¬اي ازهمتاهاي استاندارد مشاهده شدند. بر خلاف قطعات استاندارد تكثير ضعيف قطعات بازآرايي شده بيش از همتايان استاندارد خود نشان داده شد، كه شايد به دليل توالي كوتاه در قطعات استاندارد باشد. نتايج تاكيد مي¬كند كه RT-PCR نسبت به انواع بازآرايي شده تمايل به تكثير الگوهاي كوتاه دارد و نمي¬تواند براي رديابي توالي¬هاي بازآرايي شده در زمينه¬اي ازتوالي¬هاي همولوگ استاندارد استفاده شود، بنابراين Poly(A)-RT-PCR توسعه يافت. در اين مطالعه يك دستورالعمل جديد براي توليد cDNA با طول كامل از RNA¬هاي غير آدنيله (بدون دم پلي آ) براي روتاويروس معرفي شده است. به عنوان نتيجه، تركيب تكنيك PCR و در مورد روتاويروس RT-PCR با روش تغيير و اصلاح ابتدايي پلي آدنيلاسيون ژنومي مي¬تواند به عنوان روشي انتخابي براي تشخيص و بررسي تغييرات مولكولي از جمله بازآريي ژنومي و نيز توالي¬هاي ناشناخته در ساير ويروس¬ها به كار رود و ، بدون اغراق مي¬توان اساس رويكرد منطبق بر اين روش را به عنوان آسان¬ترين مسير تكثير هر گونه توالي مجهول دانست.